Régie par des règlements administratifs nombreux, l’île s’organise autour de l’autorité des Lomellini et de l’Eglise. Peu à peu, pour faire face aux nombreux risques qui menacent la prospérité de l’île, les fortifications continuent à monter : le fort Gênois de Tabarka devient ce qu’il est aujourd’hui, un roc sur lequel toutes les tentatives d’assaut se sont soldées par des échecs .
Les Génois vont alors chercher à céder leur comptoir aux Français sans toutefois en avertir le Bey de Tunis.
Hors de lui, celui-ci envoie sa flotte attaquer l’île. Mais c’est par la ruse que son neveu va mettre à genoux l’île : il invite à bord tous les dignitaires de l’île, puis les jette en galère et met à sac le rocher : en 1742 et c’est la fin du comptoir génois.
Ali Pacha gardera la mainmise sur l’activité de pêche et du commerce du corail jusqu’en 1781, date à laquelle les 
Français y installent la Compagnie royale d’Afrique. Durant le protectorat, les français s’installèrent hors des murs du fort et construisirent une ville de type européen, c’est la Tabarka que nous connaissons, face à la presque île. Pendant la seconde guerre mondiale les troupes françaises libres utilisèrent le fort comme base fermant l’accès maritime entre la Tunisie et l’Algérie.
Le Fort Génois de Tabarka a rouvert ses portes au public à la fête de l’indépendance de 2016, après une fermeture qui a duré 30 ans, et ce, grâce à l’initiative de l’Association de l’Histoire et des Monuments de Tabarka (AHMT).
Rendez vous au fort par la promenade qui longe la plage : vous y arriverez en passant près du port de plaisance et en traversant l’écrin de verdure qui entoure la bâtisse, le fort est ouvert toute l’année.
